Aiur é um dos muitos mundos projetados pelos Xel'Naga, uma raça de geneticistas extragaláticos, obcecados em criar a raça perfeita que seria marcada por uma distinta pureza da forma. Os Xel'Naga, após inúmeras falhas para criar tal raça, rumaram em direção a Aiur.
Eles observaram uma espécie particular de caçadores e guerreiros e disserniram que eles na verdade tinham a pureza da forma, assim como eram incrivelmente adaptáveis e tinham velocidade e força inigualáveis. No entanto, eles acharam a habilidade mais intrigante da espécie como sendo uma ligação psiônica compartilhada por toda raça. Essa ligação, uma forma de telepatia instintiva, permitia que eles se comunicassem entre si, assim até mesmo grandes grupos podiam trabalhar juntos eficientemente.
Os Xel'Naga, através dos seus Cristais Khaydarin, alteraram essa espécie para algo superior, mas estavam contentes em continuar escondidos por muitas gerações. Os Xel'Naga sentiram que eles tinham alcançado seu objetivo, e deram a nova raça o nome de Protoss, que pode ser traduzido imprecisamente como "o Primogênito". Aiur foi eventualmente coberta pelos Protoss civilizados, e então os Xel'Naga desceram em Aiur para poder estudar mais de perto a evolução de sua criação. Um templo marca onde eles aterrissaram pela primeira vez em Aiur. Os Xel'Naga foram a princípio reverenciados como deuses, os Protoss olharam para seus criadores com respeito e desejo por conhecimento. No entanto, como o entedimento e a consciência dos jovens Protoss crescia, eles começar a colocar grande orgulho nas conquistas individuais em detrimento do benefício da comunidade. As várias tribos procuraram se distânciar uma das outras, buscando seu papel não apenas com sua sociedade imediata, mas com o universo como um todo.
As tribos começaram a temer a traição de seus mestres, e procurando se afastar do resto de sua raça, tentaram romper a ligação psíquica que elas compartilhavam. Isso dissolveu o que restava da irmandade e união que os Protoss haviam compartilhado. Sentindo que o mais precioso atributo dos Protoss fora perdido, os Xel'Naga começaram a se retirar de Aiur. No entanto, os Protoss desconfiados responderam com um ataque que destruiu numerosas naves dos Xel'Naga. A frota Xel'Naga escapou do ataque rápido e deixou o sistema. As tribos Protoss então se voltaram umas contra as outras, dando início ao Aeon of Strife, a guerra civil mais devastadora que se tem notícia na história da galáxia.
